... / ... / ... / Informatie Klinische Genetica / Diagnostische Functionele Genetica

Diagnostische Functionele Genetica

U kunt ook onze brochure downloaden (PDF).

funct-genetica-150px 

Drie benaderingen

  1. Voor of na ‘Next Generation Sequencing’ (NGS): Diagnostische eiwit- of pathway-analyse van
    patiëntenmateriaal.
  2. Na NGS: Diagnostisch testen van de pathogeniciteit van ongeklassificeerde DNA varianten (UV’s) in
    celmodellen. Dit in uitbreiding op onze NGS service panels.
  3. Na NGS: De zebravis als model om de pathogeniciteit van varianten te testen in genen betrokken bij ciliopathieën, cardiomyopathieën en neuronale migratiestoornissen.



Ad1. Voor of na NGS: Diagnostische eiwit- of pathway-analyse van patiëntenmateriaal.

Al meer dan vijfentwintig jaar bieden wij een steeds uitgebreider pakket laboratoriumtesten voor metabole ziekten, zoals lysosomale stapelingsziekten, glycogeen stapelingsziekten en mitochondriale ziekten. Meestal zijn dit direct diagnostische enzymbepalingen. Wij kunnen nu nieuw functioneel onderzoek bieden in een gevalideerde diagnostische setting buiten dit reeds bekende gevalideerde pakket. Er zijn testen ontwikkeld, die geschikt zijn als screening
test, als filter voor een gerichte DNA test, óf als ondersteunende test voor met NGS methodieken gevonden UV’s.

Ciliopathieën (doorlooptijd 6-12 weken)
In gekweekte patiënten fibroblasten wordt gekeken naar cilia-structuur en ciliogenese m.b.v. immunofluorescentie kleuringen en cilia-functie in sonic hedgehog signaling (Shh) of PDGFa gestimuleerde migratie.

DNA repair defecten (doorlooptijd 6-12 weken)
Gekeken wordt naar het herstel van de DNA synthese na bestraling. Er is een set van 5 verschillende functionele testen beschikbaar op gekweekte huidfibroblasten:
voor Cockayne syndroom, xeroderma pigmentosum,
ataxia telangiectasia, Nijmegen breuk syndroom en trichothiodystrofie.

Fragiele X-syndroom (doorlooptijd 2-4 weken)
De diagnose fragiele X-syndroom kan in haarwortels van patiënten worden vastgesteld d.m.v. FMRP eiwitexpressie studies. De haartest is van belang bij een onduidelijke DNA uitslag en bij vrouwelijke draagsters van een volle mutatie.

Interferonopathieën (bv. Aicardi-Goutières syndroom) (doorlooptijd 1-3 weken)
Patiënten met een genetisch defect in de interferon pathway laten in RNA geisoleerd uit speeksel of bloed, een specifiek expressieprofiel zien. Dit profiel wordt bepaald door de expressie te meten van 6 genen. De test bevindt zich in de validatiefase. Informeer naar de huidige mogelijkheden!

Ad2. Na NGS: Diagnostisch testen van de pathogeniciteit
van ongeklassificeerde DNA varianten (UV’s) in celmodellen. Dit in uitbreiding op onze NGS service panels.

Momenteel bieden wij analyse van ongeklassificeerde
varianten aan in een gevalideerde diagnostische setting voor de volgende ziektebeelden: (uitbreiding hiervan is in ontwikkeling)

Tubereuze sclerosis complex (TSC, mTOR signaling pathway) (doorlooptijd 2-4 maanden)
TSC varianten worden getest dmv. transfectie en expressie studies. De read-out is de fosforylering van eiwitten in de mTOR pathway. Deze assay is ook geschikt voor de andere genen uit de mTOR pathway met bijbehorende ziektebeelden (bv. DEPDC5, AKT1/3, TBC1D7).

Verder gaan waar een ander stopt

Ziekte van Pompe (doorlooptijd 2-4 maanden)
Nieuwe ongeklassificeerde varianten van de ziekte van Pompe worden getest met transfectie en expressie studies. Als read-out wordt gekeken naar de enzymactiviteit van het lysosomale enzym a-glucosidase. De specifieke activiteit geeft een indicatie van de pathogeniciteit van de geteste variant. Dit is van belang voor de optimale behandeling en follow-up van deze patienten.

functionele-genetica-540px 


In ontwikkeling:


Neurofibromatosis (NF)

Nieuwe ongeklassificeerde NF varianten worden getest m.b.v. transfectie-experimenten in celmodellen. Informeer naar de huidige mogelijkheden.

Disorders of sexual development (DSD)
DSD varianten worden getest m.b.v. transfectie-experimenten in celmodellen m.b.v. een luciferase reporter assay (assay in validatiefase).

Zebravis modelsysteem
De zebravis wordt gebruikt voor het genereren van phenotypes om de pathogeniciteit van varianten te testen in bepaalde genen. Er wordt in pilot studies gekeken of wij
dit diagnostisch kunnen aanbieden. In eerste instantie zullen modellen en varianten voor ciliopathieën, cardiomyopathieën en neuronale migratiestoornissen
worden onderzocht.

Het aanvraagformulier Enzym-, Eiwit-, Functioneel Genetisch Onderzoek (PDF) kunt u downloaden van:

www.erasmusmc.nl/klinische_genetica/verwijzer/aanvraag/aanvraagformulieren/

Verzendadres:
Erasmus MC
Afdeling Klinische Genetica
Kamer/Loket Ee2475
Wytemaweg 80
3015 CN Rotterdam

Tel.: 010-7043197
Fax: 010-7043200
E-mail: loket.klinischegenetica@erasmusmc.nl


Voor verdere informatie:
Dr. E.H. Hoefsloot tel. 010-7038839
Dr. F.W. Verheijen tel. 010-7043350
Dr. M.D. Nellist tel. 010-7043153

Al onze bepalingen zijn van hoge kwaliteit en worden uitgevoerd in een diagnostische setting.